他一家成为李氏硕果仅存一家，作为李氏家主，这一直是李仲文最大心病。
不过李渊是李唐王朝的皇帝，他心中再不满也不敢有丝毫异动，只能老老实实的当着他的巴西郡太守，因为李渊虽然任命他为骠骑大将军，但同时也把他最后的军权收回，从而使他这个骠骑大将军没有丝毫权力。所以当窦轨派人与他联络，说是要支持李世民发动宫廷政变时，李仲文毫不犹豫的投降了李世民，将忠于李渊的郡丞许洛仁给宰了，之后获得了赵国公的爵位。
这次，李仲文得窦轨引荐，成了六万大军的主帅，也算是圆了他的统帅之梦，而段元哲也确确实实是他麾下大将，不过此人依仗自己是李世民嫡系将领，十分不服李仲文这位主帅，平时更是阳奉阴违，当李世民让他们主动进攻隋朝的命令抵达巴西郡，李仲文和段元哲在进军方向上出现了矛盾。
李仲文认为汉川郡是隋朝占领了多年的疆域，即便他们偷袭成功也是后续乏力，一旦尉迟恭从顺政郡回师，得不到汉川军民支持的唐军最后也只能带着遗憾退回，与其牺牲无数将士做此无用功，倒不如进攻通川郡，毕竟唐朝在这里的民众基础比较好，而隋军刚刚攻占不久，正处于比较混乱的权力交替过度期，若是唐军在此打开局面，那么则能把隋军抵回西城郡，并且还能和张士贵、侯君集连成一片，而汉川方向，只需让小股军队驻守三大险关便可将隋军御于国门之外，然而，因为‘一人得道、鸡犬升天’的段元哲打仗是把好手，但在战略战术方面却半点不通，他与李仲文执了相反的意见。
李仲文这个新任统帅根本压制不了段元哲，而军中许多将领也图北击汉川便捷，无奈之下，李仲文只好顺着众人心意，对段元哲进行妥协，让他带领一万士兵北击汉川郡，至于自己，则是打算通过清化郡进军通川郡，结果他这边才到仪陇县，就收到了三关失守、段元哲全军覆没的消息，于是迅速退兵，企图夺回三关所在的普安郡。然而不等他有所行动，薛万均便杀向巴西，占领了南充县，无奈之下，让大将李高迁率领两万大军火速南下，将隋军兵锋截在相如县，以免了李仲文统帅的三万大军腹背受敌。
李仲文的大营驻扎在巴西郡西水县之北的西水河畔。从阆内县运来的粮草堆积如山，六千头驴骡运送六万五千石粮食已经上路，李仲文正在军粮大营内视察。
他近来行动无功，根本原因还是粮食后勤无法保障，从而延缓了大军的进度，而西水县虽然不是最好的路线，但在粮食后勤保障上却比他处都要顺利得多，至少不用担心有敌军来骚扰粮草大营。更何况这里往北，可以选择攻击普安郡黄安县、梓潼县、临津县；若是往西，则可进击新城郡盐亭县，夺回被黄君汉占领的新城北半郡，与张士贵联兵一处。
不过他所在位置距离相如县的李高迁部还有数百里路程，他就担心李高迁擅自行动，遭到薛万均或是苏定方伏击和拦截，当然，如果张士贵能派一支军队从遂宁长江县出兵，牵制南充县的隋军，不但取到威慑隋军的作用，还能把自己、李高迁、张士贵这三支军队连成一片，从而形成一个守望相助的三角之势，不过李仲文也只是想想而已，毕竟张士贵的处境也不乐观。
李仲文思索了一会儿，忽然向一名亲兵令道“去把裴司马给我找来！”
“喏。”亲兵答应一声，转身向中军大帐方向奔去。
虽然李仲文也在普安、新城二郡设立情报点，但却遭到段元哲的反对，理由是没必精悍斥侯太少，与其浪费在自己的国土之内，倒不如将他们派得更远，密切的监视着汉川隋军一举一动，段元哲所说的理由也不是没道理，在这个问题上，李仲文并没有太过坚持，但也正是唐军在己境失去了情报点，而隋军夺下三关之后，就封锁了一切道路，不准任何商贾行人往来，致使李仲文迟迟无法得知清化、义城、平武、