上讲，南宗才是衍圣公的正尊。
建炎二年，圣人第四十八世嫡长孙孔端友随宋高宗赵构南渡，定居衢州建立家庙，得宋高宗袭封衍圣公。一直到蒙元至元十九年，忽必烈诏当时任南宗第六代衍圣公的孔洙去京议封。孔洙称因本支祖茔已有五代在衢，难以弃离。而曲阜子孙守墓有功，所以愿让爵于北宗，从此之后，北宗才确立了今天崇高的地位。
在朱由检看来，孔家之所以分作南北两宗，完全是为了家族的存续而两面押宝的投机行为，这种做法在世家大族中屡见不鲜。就如后世某个阶段一样，父子兄弟表面上为了所谓的理想而反目成仇，其实都是族中长者的安排而已，到时不论谁坐了江山，整个家族也能获得足够的利益。
就在朱由检谋划削弱儒家地位的时候，在繁华富庶的江南，一场因朝廷征收商税之事引发的风波也正在酝酿当中。