痛加歼戮以灭其国，尽夺其土。”
为了实现这一作战目标，清廷无论是从调兵人数还是物资军费上都是竭尽全力。
在兵源的调派上，四川提督成德、总兵穆克登阿、绿营总兵张芝元已经率领由藤牌兵、金川土兵和绿营组成的三千兵马先行进藏，随后还将有五千金川土兵沿川藏线陆续抵达。而在青藏线方向，除了由台斐英阿和一百巴图鲁侍卫章京率领的一千五百索伦兵外，还有驻藏办事大臣和琳率领的两千健锐营、五百八旗火器营、青海三十九族番兵、以及少数八旗蒙古兵等。
如此一来，两路人马的总兵力预计将超过一万八千人。
原本朝中还有人建议从云贵征调番兵，不过乾隆在经过审慎考虑后，否决了这项劳师袭远的提议。这主要是由于川兵中的金川土兵远比云贵番兵作战勇猛，之前的“大小金川之战”就足以证明。这些土兵完全适应高寒地域作战，且攀岩能力较强；要知道川藏线上的打箭炉地区，跬步皆山，马匹难行，且沿途都是羊肠山道，惟有金川兵视若平地。
在后勤物资的准备上，清廷也是拿出了吃奶的力气。福康安和成德经过一个多月的筹措，以藏地现有的十四万石粮食储备和牛羊数量，可供大军近一年的用量。另外在青藏线方向，陕甘总督勒保、青海办事大臣奎舒奉旨预为筹办乘骑、运畜、粮秣、柴薪、台站、向导等事宜；川藏线方向，由四川总督孙士毅、参赞大臣惠龄奉旨筹办粮草。
在军费的筹措上，除了户部先行调拨的三百万两，还有长芦盐商和山东商人报效的五十万两、两浙商人何永和捐献的八十万两，另外就是在四川、云贵、湖广征收名为“帮帖款”的官府摊派。
三月下旬，福康安派人向廓尔喀摄政王巴哈都尔发出檄谕，口气极为强硬：
“......近接尔呈成德的信内称藏人背弃前言，不给银两，因此细事争竞。尔即应将实在情形，禀明天朝驻藏大臣，听候查办，或驻藏大臣不为申理，亦应禀知总督、将军等，自必为尔秉公判断。且尔既曾派头人进贡，即欲具表遣头人赍奏大皇帝，谁能将尔差人阻抑，乃竟敢称兵占据边界，毁坏抢掠扎什伦布！尔岂不思卫藏之地即天朝之地，岂容作践！现今奉命统军来讨，尔等从前所议钱债细事，概不值理论，断不似从前与尔说和完事！”
在此期间，福康安还派遣了一名巴勒布商人潜归廓尔喀，预谋行离间之计颠覆王室，结果未遂。
直到这时，一开始没把清军当回事的廓尔喀方面终于觉出不对味了。他们一边在济咙、绒辖乃至邻接聂拉木地带增强工事，准备做殊死抵抗；另一边又将在加瓦尔地区和锡金王国作战的主力部队陆续回撤。
到了四月，为了避免战事扩大，廓尔喀摄政王巴哈都尔遣使者进藏，并将之前扣押的一名清军士兵释放，还携带礼物进献给“抚远大将军”。然而廓方不知道的是，满清此次作战就是要灭其国，夺其土；像以前那种畏威服罪，献表求和的事根本想都别想。
福康安当场掷还金花缎、千里镜、布、毡等六件礼物，对使者进行了严词驳斥。
四月上旬，从西宁出发的官兵已经陆续进藏，福康安最依恃的索伦达斡尔军跟和琳率领的部队都相继抵达了日喀则；而从打箭炉出发的藏族屯练和金川土兵因为是徒步走到的拉萨，差不多要四月下旬才能抵达后藏。
四月十八日，福康安与台斐英阿、和琳离开日喀则，驰赴拉孜督促军粮运往宗喀。
四月二十五日，福康安三人自拉孜动身，二十七日抵达了第哩朗古，四川提督成德正带兵驻扎此地。之后他们几人分头前往绒辖、聂拉木查看地形和廓军工事，最后决定以济咙、巴勒布为主攻方向，定于五月初发兵进攻。
此时的廓方还被蒙在鼓里，他们以为对面只有少量的清军和藏兵，根本