文献明文记载开普敦的历史。然而，在一些化石挖掘和考古过程中，可以证明在此之前是有人居住于该地的。第一批在该地居住的人大约出现在公元前十万年左右的石器时代。他们度过了冰河时期，但当时的水平面比现时还要低120米。由于湿度的增加，开普平原后来慢慢地布满了树木，绿草如茵。另外，在公元前八千年出土的化石中，也证明了当地居民在那时已懂得制造弓与箭去狩猎。六千年后左右，一些内陆地区的居民大量迁徙至该地，并引入了农业知识，令该地人民开始耕种维生。
第一批到达此地的欧洲人是1486年由迪亚士带领下到达的。其后，葡萄牙航海家瓦斯科达伽马在1497年开发由欧洲直达亚洲的航线中途到达此地。另外，桌山则是由另一名葡萄牙航海家安东尼奥达沙丹那（antnialdanha）所命名的，意谓“海角之桌”（tabaaba）。在此之前，该山的原名是由当地的科伊族人（khi）所起的海山（ea nta，heri 039kagg）。
开普敦与欧洲开始紧密联系始于1652年。荷兰船长赞范里贝克（jan van riebeek）与其他荷兰东印度公司的职员获派遣至该地建立一个转为远航亚洲的途经船只补给的中途站，他们的三艘船只于1652年4月6日抵达。他们很快就建立起驻扎点、菜园和果园，而这些园林仍保存至今成为今天的公司花园（any garden）。他们从桌山上的清新河（freh river）上开拓引水道将河水引作灌溉之用，并以其种植之农作物与原居的科伊族人交易绵羊和牛犊。另外，在桌山的东南两边以及豪特湾的森林为兴建房屋和船只了充足的木材。在这个时候，东印度公司垄断了所有贸易事务，并禁止一切私人交易。荷兰人并为他们遇到的民族命名，如称当地的游牧民族为何腾托人（httentt），称居于沿海地域以采贝为生的民族为史特兰洛帕人（trandler），以及称以狩猎为生的人为布西曼人（bhen，意谓居住于丛林地的人）。
首次出现亚洲人迁居非部南部始于1654年，这些移民都是被荷兰巴达维亚最高法院（dth h rt）放逐到非洲的。这些亚洲人组成了开普有色人种（ae lred）族群的雏型，并将教带到该地。而首次的大型领土扩张则发生于1657年，当时的东印度公司将位于里斯贝克河（liebeek river）沿岸的农地分派给下仆耕种，以尝试增加农作物的产量，但依然保留财政上的主导权。同年，首批从爪哇和马达加斯加引入的奴隶开始为他们工作。1658年，欧洲人开始与当地原住民展开了领土上的冲突，他们夺得了科萨族人的土地。其后，在1666年欧洲人开始于范里贝克建造的木制要塞上改建了首座军事基地好望堡（atlegd he），堡垒于1679年落成，是现在南非最古老的建筑物。
1679年，荷兰首位派驻总督的西蒙范德斯特尔（ van der tel）到达开普敦，替代范里贝克成为当地领导者。他致力于种植葡萄和酿制葡萄酒，为这个日后的重要产业奠下了重大的基础。另一方面，他也致力于扩展殖民地的疆界和领土。1688年，首批非荷兰裔的移民来到了开普敦，他们就是在法国反新教徒运动中被逼害的胡格诺派教徒。东印度公司为他们了居住点和农地，而他们亦为未来的葡萄酒发展作出了重大的贡献。
随着外地移民的不断增加，直至1754年开普敦的外来人口已达5，510名欧洲人以及6，729名奴隶。但在1780年，英国和法国开始了他们之间的战争，而作为法国伙伴的荷兰也加入了战事，故此法国派出了一小支军队到开普敦作防卫之用。但其后军队于1784年被撤走，而法国在1795年更入侵荷兰，令荷兰东印度公司陷