而言意味着什么？当然是意味着文官控制的兵部地位的低下了。彼时，不仅重大军事行动的商议兵部不得参与，就连五军都督府的事务兵部都不得干预。这样一来，兵部实际上就只是相当于是皇帝向五军都督府发布调兵命令的信息传达机构。
“祖制五军都督府，外人不得与闻，惟掌印都督司其籍。前兵部尚书邝野向恭顺侯吴某索名册稽考，吴按例上闻，邝惶恐疏谢。”
但是，随着宣宗于宣德十年正月突然驾崩，三杨内阁乘英宗年幼之机，将兵部尚书王骥扶上了麓川之役明军主帅的位置，兵部由此第一次触碰到了真正的军事指挥权。
在王骥的率领下，明军接连三次确定麓川之役的胜利，一向以儒雅示人的兵部文官充分展露出了自己驾驭战争的能力。然而，有大量战功卓著、爵位在身的武将坐镇五军都督府，兵部地位的崛起依然阻力重重。
这种情况下，土木堡之变的发生为兵部地位的崛起了一个绝佳的契机。
土木堡之变中，英宗被俘，参战的二十万明军损失过半，武将勋贵集团的中坚力量英国公张辅、泰宁侯陈赢、驸马都督井源、平乡伯陈怀、襄城伯李珍等人，以及经过他们悉心调教的新生力量尽数阵亡。
而另一边，在接下来的京师保卫战中，兵部尚书于谦却以几近一己之力而挽狂澜于既倒，这就给世人心中留下了一种关键时刻还得靠文官的印象。所以景泰帝登基后，以于谦提督京营，兵部地位开始飞速崛起，而五军都督府的权力开始逐步削弱。
景泰年间，每遇重大军事行动，朱祁钰都会跟于谦商议，并且卫所将领的选拔和更替、卫所士卒的操练都被收归兵部，五军都督府的权力就只剩下了管理军户户籍和屯田等，兵部地位已然崛起。
英宗复辟后，虽然通过废除于谦所设团营、召回天下镇守文官等办法打压兵部，但是随着石亨以图谋不轨被诛，大明终于彻底由文武并重转向为重文抑武。
到了成化、弘治年间，连管理军户户籍的权力也被收归兵部，五军都督府彻底沦为一个有名无实的部门，都督府里的各种左、右都督几乎都成了某种意义上的赠官、挂名。
“凡在京在外武职袭替优给，都司卫所呈送该府，过送兵部奏请定夺。后行奏俱改属兵部。”
五军都督府乃至于皇帝本身也不是没想过挣扎一下。譬如正德年间，武宗就通过宠幸武将江彬、设立两官厅的办法打压兵部的地位，但是……武宗随即就驾崩了。他究竟是不是“被驾崩”，后人已经无法证明，总之造成的结果就是：一切努力都化为泡影。
如此，到了嘉靖年间，五军都督府仅剩的管理军户屯田的权力也被收归户部，五军都督府完全成了一个可有可无的部门，五军都督府的左、右都督也彻底成为了武将的荣誉职衔。此后，凡遇征战，武将都由挂兵部职衔的巡抚或总督节制，当然像高务实这样的经略以及更往后出现的督师，那就更胜一筹了。
“凡天下将士兵马大数，荫授、迁除与征讨进止机宜皆属之。十三年，分大都督府为五军都督府，见若以为品秩如其故者，而兵部阴移之，其权渐分矣。所谓五都督者，不过守空名与虚数而已。”
以高务实之所见，五军都督府的衰落有其必然性，纵然他站在后世人的立场来看，这种衰落趋势本身也是不可避免的，无非是时间早晚罢了。
秦汉以后的历朝历代并没有严格划分过武将和文官，统治者对大臣最为看中的其实是文武兼备，例如唐代甚至还有边帅立功后要入朝为相的惯例。在这种情况下，明代五军都督府权力的削弱和兵部地位的崛起，本来是不会出现任何问题的。
宋代以后，为了防止藩镇割据局面的出现，才有了明确的文官和武将的划分。但是，文官看待战争更多的是从