宗为皇太子时年六岁，孝宗以弘治五年立武宗为皇太子，尚未周岁也。盖冢岁升储，所以明震器之重；冲年贻哲，所以端蒙养之功。成宪具存，昭然可考。”
单从表面上来看，申时行的理由完全是为了大明的江山社稷考虑，但是要结合当时的具体情况来看，则不难发现申时行册立皇太子的请求完全就是无理取闹。
前文多次说过，明代册立皇太子施行的是“有嫡立嫡，无嫡立长”的嫡长制，并不是顺位继承制。故朱常洛虽然是明神宗的皇长子，但却不是嫡长子，并且当时的明神宗和皇后均不过二十一二岁，谁能保证嫡长子不会降生？如果此时贸然册立朱常洛为皇太子，那么等到嫡长子降生后再改立皇太子不是更麻烦？
以上情况在这一世基本没变，因此事情一出，还不等皇帝烦恼，高务实就给出了解决办法：就说要等嫡长子出生。皇帝照办了，因此安生了好几年没人再提起。
在原历史中也差不多，虽然没有高务实献策，但朱翊钧也是这样驳回的。然而接下来，申时行虽然没有再次上疏，但是文官集团中的其他人却不干了。例如户科给事中姜应麟、吏部主事孙如法等人，又相继上疏请求册立朱常洛为皇太子。
文官集团中的任何一个人都不可能不知道嫡长制是什么，以及册立朱常洛为皇太子可能会遇到的麻烦，但是却没有人站出来明确反对册立朱常洛为皇太子。据此可知，申时行、姜应麟、孙如法等人代表的其实就是文官集团的态度。
所以，国本之争最初阶段的本质完全就是文官集团在无理取闹——先别急，不要忙于下结论说文官集团吃饱了没事干才会无理取闹，且看后来。
万历二十年，文官集团仍然没有等到皇后有孕的消息，以礼科给事中李献可、吏科给事中钟羽正上疏，请求让朱常洛出阁读书为标志，国本之争风云再起。
国本之争至此已经持续了六年，而文官集团仍然众口一词的要求册立朱常洛为皇太子，这是极为反常的。要知道唐武宗时，李党占据绝对优势的情况下也无法在朝廷上统一口径，所以，朱翊钧此时终于明白文官集团的众口一词一定是有幕后黑手在协调。
明白了这一点后，无论朱翊钧想不想册立朱常洛为皇太子，他都不可能在此时册立朱常洛为皇太子了，因为这样做就会正中文官集团及其幕后黑手的下怀——即一日不册立朱常洛为皇太子，就意味着朱翊钧一日无法洗脱废长立幼的嫌疑。
既然朱翊钧无法洗脱自己的嫌疑，那么以内阁首辅王锡爵为代表的文官集团就能使出自己的终极必杀技：朱元章制定的“有嫡立嫡，无嫡立长”的家法，以及汉代文景之治得益于早立皇太子、晚唐之君享年最短皆因不早立皇太子的前车之鉴。
文官集团使出终极必杀技后，确实让朱翊钧陷入了相当被动的境地，逼得他只能采取拖延这种下下策。
但是，朱翊钧并不是他爹那种大智若愚之人，他聪明的同时也隔代传似的继承了爷爷嘉靖的一些脾气，肯定不会坐以待毙。因此，为了削弱文官集团及其幕后黑手的势力，朱翊钧采取了缺官不补和派出矿监、税使两种措施。
但是，文官集团及其幕后黑手并没有因此而向朱翊钧妥协，既然你皇帝缺官不补，那么文官集团就在处理不涉及军国大事的政务时就自己拿主意。
既然你皇帝派出了矿监、税使，文官集团的幕后黑手就以“与民争利”为由一次次组织声势浩大的反矿监、税使运动，甚至直接出手鼓动民间搞出多次“抗矿税”骚动。
最终，朱翊钧于无奈之中被迫于万历二十九年册立朱常洛为皇太子。至此，国本之争在这一阶段的本质就清晰了。
从表面上看，文官集团的百般努力，不过是想让朱翊钧早日册立朱常洛为皇太子而已，但是其更深层次的含义其实在于：文官集