人在作战前后有独立的指挥权。从此之后，打仗的事情，文臣方面除了朱由栋特别指定，否则将不再对军人有指手画脚的可能。
而兵部以前武选司的职责，则由御马监接手当然，将武将的人事权完全交给宦官是极不科学的。所以，这御马监随着权力的陡然增大，其内部的权力架构也进行了重组。新的御马监，掌印太监是刘时敏，但枢密院派出枢密副使，兵部派出侍郎长期在御马监坐堂，也是必然。与此同时，腾骧四卫以及京营全部裁撤，相关人员要么补充入新成立的野战军和驻屯军，要么进行分流。也能防止御马监的权力过渡膨胀。
在作战权和人事权被分割出去后，兵部剩下的就是后勤保障和装备制造了。为了安抚兵部的官员们，朱由栋也承诺，以后朝廷新建的兵工厂什么的，全部划给兵部管理——当然，装备是你负责造，但是用的人不满意，官司打到朕这里来了之后，如果确实是兵部理亏，朕还是会打你们板子的。
总之，这么一拆分重组后，直接带兵的将领想造反，首先是在造反准备阶段无法按照自己的想法在关键位置安插自己的亲信。其次是一旦造反，军饷、弹药全部断绝这会儿都进入热兵器时代哪，没有枪弹钱粮，你怎么造反？
而管军官晋升的，管后勤物资和装备的要造反？拜托，他们手里没兵啊！
至于你说要是这三个衙门的官员勾结起来造反呢？哎，如果当皇帝都失败到让这三个衙门的官员团结一致了，那是得有多失败？这么失败的皇帝还用得着别人来造反？
总之，没有完美的制度，只有相对合适的制度。而目前这么调整，在朱由栋看来，是他能够做到的极限还好本届内阁的首辅方从哲，兵部尚书王象乾年纪都大了，军黄册清理完，军改完成后就会致仕。所以在这时候没有和皇帝拧巴，真要是碰到那些强项令，便是这些制度都未必能建立起来呢。
“满桂啊。”
“臣在。”
“朕是这么想的，这首任枢密使呢，就让麻承诏去做。毕竟，我大明所有的新军，其实都脱胎于横海卫。而麻承诏，毕竟是我横海卫的第一任指挥使嘛。”
“皇上，臣对麻指挥服气得很，这么安排，臣无异议。”
“嗯，接下来，是关于你的安排。野战军的二十个师整编完成后，朕准备在京畿地区放三个。辽宁、山西、陕西共一个。甘肃、青海、新疆共一个。河南、山东、北直隶共一个。西南三省共一个。湖南、湖北、江西共一个。南直隶、浙江、福建共一个。两广共一个。南洋地区一个。如此，还有十二个师的机动兵力。朕准备把这十二个师留三个在京师附近作为北方的机动兵力。抽六个出来交给曹帅去打吕宋。剩下的三个，朕准备交给你，再带回西北去。”
“皇上的意思是，西北现在仍然不稳，需要武力震慑吗？”
这个，怎么说呢说了后朕这皇帝很可能就被一只巨大的钳子从天而降给掐断了啊。
“满桂啊，朕是这么想的。朝廷除了这二十个师的野战军，各省也要建立一千到五千不等的驻屯军，以后各地有事，先驻屯军应付，驻屯军应付不下来的，才由当地驻军出手。当地驻军都搞不定的，才由朝廷出面协调各路援军驰援相对而言，内地省份的驻屯军数量少一点，如新疆这样的边境省份，驻屯军数量就要多一点。目前兵部的计划是让新疆的驻屯军先定在五千人。以后朕会逐渐的增加，便是增加到十万人，二十万人也是有可能的。你的任务，就是先带三个师过去驻守一段时间，让朕抽调足够的人力物力，在新疆建成强大的驻屯军团。”
“臣明白了，虽然不能参加吕宋战役有些遗憾，但只要皇上需要臣，臣一定心甘情愿的在新疆安静的坐镇。”
“哈哈哈，满桂啊，男儿建功立业的心思，朕，懂的。且宽心，你在新疆也不是