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特训班班本部下面还设有一个会计室，主任为刘七斯，会计徐煌生，出纳周巨恩。另有一个医务室，主任刘某和两个医生、两个护士。这几个人都是临时由特务介绍去的，不是军统派去的。
当时只有总务处下面设有一个事务股，股长先后由沈醉、徐永年担任，股员有苏振通、刘桐、阳光鹤、姚瑞祥、王亚文等。其余各处当时都没有另设科股，也没有副处长。教务处下为教务员，政训处下为政训员。负责管理学生的是教官队。
总队部下设两个大队和一个直属女生中队。
第一大队长王班联，副大队长陈震东，大队政治指导员吴尚英，副官董威。第一大队下辖三个中队，第一中队队长段建功，政治指导员何季祥。这个队分类学习专业时为情报队。第二中队队长项廉，政治指导员吴景中，这个队也是情报队。第三中队队长罗兴，政治指导员傅有权，这个队是专学行动的。
第二大队也辖三个中队，大队长杨清植，副大队长王百刚，大队指导员贺元，副官沈志雄。第四中队队长金树云，政治指导员许文渊，这个队专门学习军事谍报参谋业务，又称为谍参队。第五中队队长陈粟冬，政治指导员黄康永。第六中队队长林廷极，政治指导员金昌满。这两个中队都是学打游击的，又称为军事队。
女生直属中队队长先为安占江。这个女特务以凶狠著名，她的丈夫须于一都挨过她的手枪。她调走后改由吴毓坤继任。政治指导员先后有吴舜华、赵世英、彭家苹、武奎元，都是军统著名女特务。进行分队专业训练的选择标准是凡高中以上程度而又较为聪明机警的学生均选入情报队受训；身体强健、学识稍差却胆大勇敢的选入行动队；对军事学术有点基础的选入谍参队，其余学识较差的选入军事队学打游击。女生则分别按各人具体情况选入情报队与行动队。
十月间又设置了电讯、会计两个专业，大部分女生被选去学习这两项业务。专业训练表面上是征求学生意见，自由选择，实际上是先内定好了。学生自己选择的专业如不合适，都接班本部与总队所内定的专业分配。每个中队下面再分三个区队，