对于申时行的举荐，王锡爵等一干重臣也都表示支持，石昆玉在隆庆二十四年由户部郎中出任苏州府知府。“按治豪横，剖析狱讼，舆论翕服。”在苏州府严厉打击这些当地的豪强，搞得申时行、王锡爵的家人都被石昆玉所惩治，十二他们两人都极为狼狈，但是朱载坖反而非常欣赏这样的强项令，多次予以保全。
同时，原户部尚书王国光在致仕之前也向朱载坖着重推荐了石昆玉，对于他王国光等重臣还是很看好的，朱载坖也认为他还是很不错的，所以申时行一直不敢动石昆玉，但是现在这个机会，申时行自然是举荐石昆玉，将他以重用的名义高升调走，这是最好的方案了，朱载坖当然也知道申时行的想法，不过现在确实是需要一个强项令去广东处理此事。
朱载坖想了一会之后就说道：“加石昆玉右副都御史兼南京兵部右侍郎巡抚广东兼理海关、市舶、粮储等事，给王命旗牌。”
这是一般巡抚所没有的权力，大明的巡抚一般的差遣就是巡抚某处兼理粮饷等事，沿边的巡抚由于要承担边防事务，所以照例会给王命旗牌用以在战事节制沿边官军，但是海关等一向都是朝廷直属，地方不能插手的，这次朱载坖破例给石昆玉加兼理海关、市舶等事，就是要他负责处理广东的这些大海商们。
由于闽粤地方宗族势力比较强大，所以朱载坖还给石昆玉以王命旗牌，准许他调动官军，以保证各种政策的顺利实施，同时朱载坖还将下一任苏州知府的给定了下来，朱载坖调原江西道掌道御史李汝华为苏州知府，朱载坖之所以用李汝华为苏州知府，就是因为李汝华练达勤敏，立朝无党阿，在江西道掌道御史任上，揭发惩处了一干贪官污吏，这点是朱载坖很看重的。
同时之前石昆玉还向朱载坖推荐过苏州推官袁可立，朱载坖认为这也是个很不错的人才，之前由于石昆玉惩办了申时行的亲戚，申阁老对于此事自然是极为恼火的，所以申时行授意应天巡抚李涞收拾石昆玉，李涞以石昆玉擅自直取府库银两为由准备收拾石昆玉，但是查来查去不但没能抓到石昆玉的把柄，反而引来了科道和一些致仕重臣的关注。
连致仕回乡的原户部尚书、顾问咨询大臣王国光也以密疏向朱载坖为石昆玉辩诬，科道官员也纷纷弹劾申时行，认为就是申时行授意应天巡抚构陷石昆玉的，而经左都御史温纯推荐，朱载坖当时点用时任苏州推官的袁可立就近查察此案，说实话，这个压力还是很大的。
朱载坖的态度未明，申时行等人是摆明了准备收拾石昆玉的，而且应天巡抚李涞也暗示袁可立按照上级的命令将此案了解，这可是当朝首辅的意思，要知道彼时的袁可立不过是个刚刚中进士的推官罢了，面对巡抚和他背后的首辅，是极为无力的，但是袁可立当即说道：“吾自任之！吾奈何以上台故诬贤太守？”
袁可立将自己的调查结论上陈朱载坖，认为所谓石昆玉擅自支用府库钱粮一事显系构陷，子虚乌有，这下群情激愤，南直道掌道御史李用中公开上章指斥申时行和李涞相互串通挟私报复。申时行也不得不向朱载坖上疏称：“臣何能私臣家人申炳？若抚臣李涞之参石昆玉以钱粮，而臣之行勘昆玉正以显明其心迹。”
一个当朝首辅和一个应天巡抚联手对付一个小小知府，如果这个知府不是一个十足的清官，那就难免不被这种力度很大的选择性反腐给抓到一点点小把柄，就将陷入万劫不复的十八层地狱。而这不知天高地厚的初生之犊小小推官袁可立胆敢昭雪此案可谓是在太岁头上动土，不畏强权也算古今一大奇观，很多科道官员都对袁可立极为佩服，但是之后袁可立考选御史，却被无故刷掉，其中的缘由，自然不必多言了。
迫于科道和朱载坖的压力，申时行只能放弃李涞，袁可立可谓是一战扬名，连朱载坖也对他极为赞赏，