国的雏形已悄然崛起，并逐渐逼近廷巴克图，这就是曾为马里附庸国的桑海。和带有浓厚北非色彩的加纳、马里不同，桑海是纯粹的黑人国家。这个国家的前身是居住着南方尼日尔、贝宁、尼日利亚交界的尼日尔河转弯处登迪地区的索尔科部落，后来溯尼日尔河而上，在库基亚建立国家，11世纪，都城迁到今天马里境内的加奥，并接受了教，1325年被马里帝国征服（就是“黄金朝圣”的同一年），曼萨穆萨在朝圣归途经过加奥，将桑海的两位王子阿里科伦和苏莱曼纳尔作为人质带往尼阿尼和廷巴克图，两人渡过10年囚徒生涯后先后逃回加奥，并建立了桑海的索尼（nni，桑海皇帝称号）王朝，1400年，桑海宣布独立。
由于两位索尼王朝开国君主曾受到廷巴克图学者的侮辱，桑海帝国一直试图夺取这座城市进行报复，1464年，阿里贝里即位，此人头脑精明，善于水战，利用尼日尔河不断侵蚀马里帝国疆域，1468年，他终于实现几代先帝遗愿，攻下廷巴克图，并杀害了所有桑科尔大学的学者作为报复，从此廷巴克图进入了桑海时代。
阿里贝里虽未像马里皇帝那样把廷巴克图当作陪都，却赋予了这座城市军事重镇的地位，他开凿运河，使自己的水军得以从这里四出征战，凭借水上优势征服了桀骜不驯的图阿雷格人，用28年时间东征西讨，建立了东南从登迪和克比起、西南到杰内对面的锡比里杜古，囊括整个尼日尔河曲的新月形帝国。
由于桑海帝国迅速控制了西非各大商路和商埠，取代了马里的商业中心地位，廷巴克图的商业利益并未受重大损失，但桑海对廷巴克图政治地位的贬抑，以及阿里贝里对宗教学者的报复性杀戮却激起廷巴克图人长久的反感，在整个索尼王朝，廷巴克图贵族和皇室的合作都是若即若离，阿里贝里28年征战战无不胜，甚至伤亡都少到可以忽略不计，却在班师途中莫名其妙坠河淹死，这在廷巴克图学者笔下就被纪录为“神意”。
阿里贝里死后其子巴阿雷宣布废弃教，激起宫廷内战，皇族穆罕默德兄弟起兵讨伐，1493年4月12日，进军首都加奥，两军会战于安法奥，巴阿雷大败，弃城逃亡南方阿约鲁，穆罕默德夺取帝位，改王号“索尼”为“阿斯基亚”（akiya），史称阿斯基亚王朝，穆罕默德杜尔被尊为“阿斯基亚大帝”。
此时廷巴克图也顺理成章地被纳入穆罕默德版图，和索尼王朝不同，笃信教的穆罕默德重新对廷巴克图产生浓厚兴趣，虽然囿于传统势力，他并未迁都，但事实上却把廷巴克图当作了首都，他不仅修葺了桑科尔大学，还在1496年10月率步兵1000、骑兵500，携金币30万，亲赴麦加朝圣，重演了马里帝国的辉煌一幕，史称“第二次黄金朝圣”。
此时麦加贵族势力已衰，对远道而来桑海皇帝的慷慨和恭敬简直受宠若惊，立即授予其“台克鲁尔哈里发”的崇高称号，麦加统治者还特意向廷巴克图派遣了大使阿尔萨克里，这让桑海顺理成章成为西非的盟主。归途中穆罕默德拜访了开罗阿尔阿兹哈尔大学校长阿尔苏玉蒂，听取了关于政府对通布图改革的建议，这让他博得尊贤好士的美名，此时卡斯蒂利亚王国女王伊萨贝尔一世攻破西班牙最后一个小国，许多厌倦兵革的学者纷纷南下，投奔梦幻之都廷巴克图。